侨南华小是于1917年，由雪隆海南会馆（天后宫）前身，即雪兰莪琼州会馆先贤所创办的夜校，宗旨是为海南人的孩子提供一个读书环境，旧址于谐街一店铺楼上。当时学生仅有5人。
隔年，学校迁至苏丹街雪兰莪琼州会馆（本会前身），并于3年后，即1921年正式注册，当时学生增至百余名。
1941年却因日军南侵，学校被逼关闭。不过，1945年再复办，并成立日校，学生人数增加至300余人。基于学生人数逐年增加，校舍不敷应用，雪兰莪琼州会馆决定增建馆宇，奈何政府条例不允许民房作为校舍，只好另寻出路。
本会于1954年召开琼侨大会，商议迁校一事，并成立建校委员会，益友轩捐赠一块地皮，但基于面积太小，只好以2万8000令吉转售，作为建校基金。
1955年，重立建校委员会，并以7万5000令吉购得现校址（彭亨路），再维修原有的建筑物，改为校舍。隔年委任龙称铨为校长，学校也正式启用。
1957年，14间课室建竣，3年后校舍由当时的雪州州务大臣阿布巴卡开幕。
1988年两座旧校舍被宣布为危楼，加上学生人数日益倍增，现有校舍不胜负荷，董事部、家协及校友会筹划募款建校计划，并获得社会广大人士的热心捐助，于1993年建竣一栋4层楼新校舍（12间课室及礼堂）。
1993年至1995年期间，内有食堂、特别活动室及7间课室的行政楼装修工程完成，也拆除了两栋双层板楼，重建图书馆、电脑室、科学室、视听室等。当时的峇都区国会议员拿督庄智雅捐献10万令吉作为建校基金。
1999年，新校舍第五楼顶楼开始动工，隔年主办侨南行筹款增设硬体设备，2000年第五层楼开始启用。
2001年主办十大义演筹款增建第3期行政楼及L型课室，获得各界善心人士支持，2002年尾建竣，2003年正式启用，同时也扩建资讯中心，以应付电脑科技时代的来临。
同年，开始筹募第4期增建16间课室与多元礼堂的建校基金，食堂则重新建造。
2004年，向政府申请争取校后地段作为学生的活动空间，而第4阶段的建校计划也获得政府批准，隔年开始展开多项筹募建校基金义演与义卖会。
2008年，校后地段进行建造学校草场，拿督邢福鑫辞董事长一职，由云逢豪接任。
2009年，草场建竣并开始使用，2010年则维修及粉刷行政楼、图书馆与会议室。
2011年，增添办公室新桌椅、窗帘布及图书馆铺设地砖。
2012至2013年期间，成立4间数码课室、维修及粉刷课室、行政楼、图书馆及会议室。同时教员办公室也增添6台电脑。
2014年，推行“梦想成真”计划，提升7间课室为数码课室，讯息与通讯科技课室安装34台电脑。
2016年，新礼堂启用，推行Allschools系统以传达通告及家课给家长，并再提升6间数码课室，1间功课督导班也安装数码板。
2017年，迈入100週年，举行空前盛大的吉隆坡侨南华小百年校庆嘉年华，系列欢庆活动包括11月4日历史走廊软开幕及教学研讨会、11月12日举行火炬行，约500人从雪隆海南会馆（天后宫）出发到侨南华小，美食•文化汇聚，以及今天的千人宴。
为了纪念这个百年历史性的一刻，100名侨南华小学生特制了米绘地画（KOLAM）校徽，创下大马纪录大全“以米绘地画制作最多校徽的小学学生”。
这100名小学生是由三大民族组成，制作了100张100CM X 100CM的校徽，除了体现马来西亚精神，各族文化融为一体外，也把侨南大勇无惧、团结一致，上下一心的精神发挥淋漓精致。
吉隆坡侨南华小百年校庆筹委会为了留住这珍贵的一刻，特别出版《吉隆坡侨南华小百年校庆特刊》，记载海南先贤与热心社会人士为侨南华小做出的贡献与牺牲，崎岖来得不易的建校之路，全被记录在特刊内。
2018年，获教育部甄选为转型学校计划3.0的试点学校，通过6大核心价值去发掘学生的潜能、塑造卓越学生。
2019年6月16日，啟用吉隆坡侨南华小21世纪课室，携手教育局官员推广21世纪改革教学法，满足社会转型所需的6C 核心能力（Critical Thinking ,Communication ,Creativity ,Collaboration ,Citizenship ,Characteristic ）。
